A primeros de julio de 1936, el gobierno republicano de Manuel Azaña, establece por decreto que la Prisión Central de Burgos se destinaría en lo sucesivo al cumplimiento de las condenas impuestas a delincuentes políticos y sociales. También se establece que los presos que lo deseen podrán alimentarse por su cuenta y podrán vestir traje de paisano cuando se lo costeen, o el especial propio de la prisión que se le facilite. El decreto también establece el régimen de visitas, trabajo, ejercicios físicos, enseñanza, lecturas y entrada de prensa.
Tras el alzamiento militar de 1936, la prisión sería tomada por un destacamento y el director del penal sería sacado para su conducción a Pamplona y su posterior fusilamiento. Los militares franquistas utilizarían el penal para albergar a todo tipo de personas desafectas al nuevo régimen: militares, maestros, labradores, obreros, etc. Durante los primeros meses de la guerra el número de reclusos aumenta hasta 882, cifra que aumentaría posteriormente hasta los 3.600.
En el siguiente enlace podemos leer un interesante artículo de Isaac Rilova Pérez sobre la prisión central de Burgos:
